九州大学大学院 総合理工学研究院・エネルギー物質科学部門/総合理工学府・物質理工学専攻 固体表面科学大講座・理論物質学教育分野 青木研究室

Elongation法 生体分子(タンパク質)

リガーゼ (PDB: 3EQS)・線毛タンパク質(PDB:1PAK) ~3D-ELG法~

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・K. Liu, Y. Yan, F. L. Gu, and Y. Aoki, A modified localization scheme for the three-dimensional elongation method applied to large systems, Chem. Phys. Lett., 565, 143-147 (2013).
・K. Liu, L. Peng, F. L. Gu, and Y. Aoki, Three dimensional elongation method for large molecular calculations, Chem. Phys. Lett., 560, 66-70 (2013).

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Y. Aoki and F. L. Gu, Phys. Chem. Chem. Phys., 14, 7640-7668 (2012).

 

 

両極性タンパク質 ALPS-23 peptide (PDB: 2M0W) ~3D-ELG法~

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K. Liu, J. Korchowiec, and Y. Aoki, Intermediate electrostatic field for the generalized elongation method, ChemPhysChem, 16, 1551-1556 (2015).

 

 

ポリグリシン ~ELG-MD法~

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P. Xie, Y. Orimoto, and Y. Aoki, An Efficient Local Molecular Dynamics Polymerization Simulation Combined with an Ab Initio MO Method, Materials, 6, 870-885 (2013).
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L. Jin, K. Liu, and Y. Aoki, J. Mol. Model., 21, 117 (2015).

 

 

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